pyscal reference

• pyscal Reference
  • pyscal.core module
    • System
      • System.box
      • System.atoms
      • System.__init__()
      • System.add_atoms()
      • System.atoms
      • System.box
      • System.calculate_angularcriteria()
      • System.calculate_centrosymmetry()
      • System.calculate_chiparams()
      • System.calculate_cna()
      • System.calculate_disorder()
      • System.calculate_energy()
      • System.calculate_entropy()
      • System.calculate_pmsro()
      • System.calculate_q()
      • System.calculate_rdf()
      • System.calculate_solidneighbors()
      • System.calculate_sro()
      • System.calculate_vorovector()
      • System.cluster_atoms()
      • System.embed_in_cubic_box()
      • System.extract_cubic_box()
      • System.find_diamond_neighbors()
      • System.find_largestcluster()
      • System.find_neighbors()
      • System.find_solids()
      • System.get_atom()
      • System.get_concentration()
      • System.get_custom()
      • System.get_distance()
      • System.get_qvals()
      • System.identify_diamond()
      • System.iter_atoms()
      • System.read_inputfile()
      • System.remap_atoms()
      • System.repeat()
      • System.reset_neighbors()
      • System.set_atom()
      • System.set_atom_cutoff()
      • System.show()
      • System.to_ase()
      • System.to_file()
    • test()
    • Atom
      • Atom.__init__()
      • Atom.allaq
      • Atom.allq
      • Atom.angular
      • Atom.avg_angular
      • Atom.avg_disorder
      • Atom.avg_energy
      • Atom.avg_entropy
      • Atom.avg_sij
      • Atom.avg_volume
      • Atom.bonds
      • Atom.centrosymmetry
      • Atom.chiparams
      • Atom.cluster
      • Atom.cna
      • Atom.common
      • Atom.condition
      • Atom.coordination
      • Atom.custom
      • Atom.cutoff
      • Atom.disorder
      • Atom.edge_lengths
      • Atom.energy
      • Atom.entropy
      • Atom.face_perimeters
      • Atom.face_vertices
      • Atom.get_q()
      • Atom.get_qlm()
      • Atom.ghost
      • Atom.id
      • Atom.largest_cluster
      • Atom.loc
      • Atom.local_angles
      • Atom.mask
      • Atom.neighbor_distance
      • Atom.neighbor_vector
      • Atom.neighbor_weights
      • Atom.neighbors
      • Atom.next_neighbor_distances
      • Atom.next_neighbors
      • Atom.pos
      • Atom.set_q()
      • Atom.sij
      • Atom.solid
      • Atom.sro
      • Atom.structure
      • Atom.surface
      • Atom.type
      • Atom.vertex_numbers
      • Atom.vertex_positions
      • Atom.vertex_vectors
      • Atom.volume
      • Atom.vorovector
  • pyscal.crystal_structures module
    • make_crystal()
  • pyscal.trajectory module
    • Timeslice
      • Timeslice.__init__()
      • Timeslice.to_ase()
      • Timeslice.to_dict()
      • Timeslice.to_file()
      • Timeslice.to_system()
    • Trajectory
      • Trajectory.__init__()
      • Trajectory.get_block()
      • Trajectory.iter()
      • Trajectory.load()
      • Trajectory.unload()
  • pyscal.traj_process module
    • read_file()
    • split_trajectory()
    • write_file()
  • pyscal.misc module
    • compare_atomic_env()
    • find_tetrahedral_voids()